Según reza en una lápida del interior fue consagrada el 13 de abril de 1208 como Iglesia del Santo Sepulcro, siendo a partir de 1224, con la donación, por parte del Papa Honorio III, de la santa reliquia “Lignun Crucis” (trozo del madero de la santa cruz de Jesucristo), que pasa a llamarse de la Vera-Cruz, o sea de la verdadera cruz. Es aquí donde encontramos el dilema porque existen leyendas que atribuyen el origen de esta iglesia a la Orden del Temple, mientras que estudios recientes desmienten su origen templario en favor de la Orden de Caballería del Santo Sepulcro.
En realidad, muy pocos documentos han llegado hasta nuestros días para aseverar una cosa o la otra. En favor de la filiación sepulcrista de la iglesia es posible resaltar la advocación inicial de la misma, hecho que comparte con la Iglesia de Torres del Río en Navarra, también de origen discutible. Otro elemento a considerar es el hecho que la Orden Militar del Santo Sepulcro se instaló unos años antes que la Orden del Temple en tierras segovianas. Otros elementos que destacan los defensores de un origen sepulcrista es el hecho de la presencia de cruces de doble travesaño, símbolo de la Orden del Santo Sepulcro, algunas evidentes en el exterior y otras descubiertas en restauraciones recientes. Pero estas pudieron ser agregados posteriores.
No debemos olvidar que la gran mayoría de los defensores del origen sepulcrista tienen cierto vínculo con la Orden de Malta, actual propietaria de esta Iglesia, o sea la Soberana Orden Militar y Hospitalaria de San Juan de Jerusalén, de Rodas y de Malta, quien fue la destinataria por bula papal de la mayoría de las propiedades templarias luego de la supresión de la Orden del Templo de Salomón. Tampoco debemos olvidar que la Orden del Santo Sepulcro se fusionó con la de los Hospitalarios, o sea con la denominada actualmente Orden de Malta.
En favor del origen templario de la Iglesia de la Vera-Cruz no hay demasiados datos salvo la persistencia de un mito o leyenda que algunos atribuyen más a un atractivo turístico que a un hecho concreto. Pero para un arquitecto medianamente informado hay ciertas características tipológicas que no pasan desapercibidas y que es menester considerar. Se sostiene que esta iglesia toma como referencia a la Iglesia del Santo Sepulcro de Jerusalén, de estilo bizantino, cuyo cuerpo principal es una rotonda con deambulatorio que contiene un templete donde se encuentra el cenotafio o la tumba vacía de Jesús. Sin embargo hay que señalar que a muy poca distancia de este emplazamiento denominado Gólgota, los cruzados que conquistaron Jerusalén se encontraron en la explanada del antiguo Templo de Salomón a la Mezquita de Al Aqsa y a la Cúpula de la Roca. La Mezquita de Al Aqsa pasó a ser Palacio Real y en 1118 el rey Balduino II, como una de sus primeras medidas de gobierno, le cedió un sector de dicho edificio a un grupo de elite de fieles caballeros que fundaron la legendaria Orden de los Pobres Caballeros de Cristo y del Templo de Salomón, más conocidos como Templarios.
Debemos imaginarnos la familiaridad cotidiana que tuvieron los Templarios con la Cúpula de la Roca, que no es una mezquita propiamente dicha sino un “templo relicario” que contiene una roca sagrada. Según la tradición hebrea, en esta roca fue donde Dios creó a Adán, pero también donde Abraham casi sacrifica a su hijo Issac cuando Yaveh puso a prueba su fidelidad. Es en esta misma roca donde la tradición musulmana ubica la ascensión a los Cielos del profeta Mohamed junto al Ángel Gabriel. Al igual que la Iglesia del Santo Sepulcro de Jerusalén, la tipología arquitectónica de la Cúpula de la Roca también es una rotonda poligonal que tiene un doble deambulatorio en torno al centro donde se encuentra la roca sagrada. Lo curioso de este edificio es que el espacio central se parece más al edículo de la Iglesia de la Vera-Cruz segoviana que al templete de la tumba de Jesús en la Iglesia del Santo Sepulcro. Y esta constatación no es un hecho menor. Por la cercanía entre el cuartel templario y la Cúpula de la Roca debió ser más probable que los Templarios efectuaran sus oraciones con mayor frecuencia en torno a la Roca más que en la Iglesia del Santo Sepulcro, obteniendo en este santo lugar su imagen arquetípica de templo ideal
